深圳台商協會成立於1990年6月27日，是由在深圳投資的台商以自願爲原則，依據國務院《關於鼓勵台灣同胞投資的規定》中的相關條款，經深圳市民政局審核批准成立的具有法人資格的民間社團。協會成立的宗旨，在於團結和聯絡在深圳投資的台商及台灣、海外的台胞，增進相互間的交流、了解與合作，加強與特區政府及各部門間的聯繫溝通，促進企業的發展與特區經濟的繁榮，維護台商的合法權益。   
    協會的最高權力機構爲會員大會，組織領導機構爲理事會、常務理事會；監督機構爲監事會、常務監事會。會長對外代表協會，秘書長主持協會日常工作。協會常務理監事會及各功能委員會定期召開會議，解決一時期内會員所遇到的重大問題。協會總會設在國際商會大廈，在各區鎮設有20個聯誼會，使會員與協會保持着密切的聯繫。   
    成立16年來，深圳台商協會不斷致力於提高工作效率，提升工作品質，開拓創新，積極奮進。1998年，協會在全國社團中率先引入ISO9002國際質量認證體系，同時於1999年成功獲得中國商檢和美國貝爾的雙重認證，成功開創國内社團導入ISO9002國際質量認證體系的先河。目前，協會的會員數由成立最初的60家增加至目前的近2000家，擁有員工總數60多萬，緊密聯繫着全市4000多家台資企業和在深居住的5萬多台胞。協會嚴格遵守國家憲法和有關法律，依照章程的宗旨和任務，積級主動開展工作，成績顯著，發展迅速。因爲會務規範、熱心公益，以及對深圳市經濟發展作出的特殊貢獻，協會先後被市委市政府授予“廣東省優秀民間組織”、“深圳市優秀民間組織”、“深圳市十佳社團”、“光彩事業組織獎”、“優秀民間社團”、“招商引資先進單位”等光榮稱號。